本发明涉及食品加工领域，公开了一种菠萝蜜种仁巧果及其制备方法。本发明采用菠萝蜜种子为原料，从种仁自身特点出发，精选糯米粉或高级面粉、菠萝蜜种仁粉、麦芽糖浆、绿茶水、起酥油和食用纯碱制成皮料，精选菠萝蜜种仁粉、熟芝麻、黄油、高级面粉、白砂糖、凉开水、花生、小苏打、食盐制成馅料，经皮料包裹馅料烘烤工艺制备成菠萝蜜种仁巧果产品。本方法所制备的产品具有松脆香甜、风味独特、含有丰富的蛋白质、淀粉和膳食纤维的特点，同时具有改善人体免疫力、减轻烦躁、治疗腹泻等多重保健功效。本发明提高了菠萝蜜种仁的利用率，为制作菠萝蜜种子产品提供了理论依据和技术支撑，对促进菠萝蜜种植业、加工业的可持续发展具有重要的现实意义。