合浦珠母贝是我国培育海水珍珠的主要贝种，所产珍珠即为著名的“南珠”，具有重要的经济价值。1965 年合浦珠母贝人工繁殖取得成功，为海水珍珠的规模化养殖奠定了坚实的技术基础。然而经过多年的发展，养殖企业和养殖户长期使用不科学的亲本配对方式，合浦珠母贝近亲繁殖现象严重，导致合浦珠母贝养殖性状退化，贝体生长慢，个体小，死亡率高。没有优良的合浦珠母贝，就不能生产出质量高的珍珠。目前合浦珠母贝的基因资源十分缺乏，与性状关联的分子标记很少。本研究通过重新组装和拼接11个合浦珠母贝转录组Unigene数据，从中挖掘出250,324个SNP候选位点。通过小片段HRM技术，鉴定出203个多态性SNP位点，成功注释126个，其中包含一些与生长、抗逆、繁育等性状相关的功能基因。在203个SNP位点中，位于3`UTR有15个，5`UTR 有7个，ORF有150个（同义突变126个，非同义突变24个），其余的未知。有6个SNP位点与生长性状相关。鉴定的多态性SNP位点也可用于研究合浦珠母贝群体遗传多样性。本研究发表论文3篇，其中SCI收录2篇，中文核心1篇。获得2016年海洋科学技术奖二等奖一项。本研究结果为合浦珠母贝生长、抗逆、繁育等性状解析和遗传选育研究奠定了一定的基础。