本发明公开了一种基于SDN网络的医疗健康数据传输优化方法及系统，属于计算机网络领域，本发明要解决的技术问题为如何缓解对网络进行管理的难度，提高医疗健康数据中心运算的速度，采用的技术方案为：该方法采用软件定义网络完成，通过网络的编程能力把转发和控制相分离，使得路由控制变成集中控制，统一有同一个控制器进行决策；步骤如下：S1、通过floodlight控制器对底层医疗网络进行控制与收集；S2、通过openflow协议及南向API接口将底端链路信息发送到顶端控制器；S3、顶端控制器对得到的数据进行优化算法，通过得到的最优路径信息将决策下发。该系统包括软件定义网络模块、底层医疗网络控制及收集模块、底端链路信息发送模块及优化算法及决策下发模块。