本发明涉及生物医药工程领域，具体涉及一种动物疫苗脉冲释放系统、其制备方法及在动物疫病防治中的应用。本发明通过制备具有不同释放特性的包含疫苗抗原的聚合物微球及其组合物构成的疫苗脉冲释放系统，通过注射途径给药，实现单剂注射完成全程免疫，从而简化免疫程序、提高免疫效果、降低劳动强度、减少漏种率。