本发明涉及一种复合木瓜蛋白酶及其应用，所述复合木瓜蛋白酶，由下述重量份原料组成：木瓜蛋白酶50-70份，生姜蛋白酶20-40份，菠萝蛋白酶5-15份。本发明还提供了所述复合木瓜蛋白酶在医药、保健工业、食品工业、美容工业、日化品工业、饲料工业及皮革工业中的应用。