本发明提供了一种低聚糖醛酸与多肽复合剂的制备方法，通过鲍鱼内脏特含的褐藻酸酶和外加蛋白酶分别对废弃海带和鲍鱼内脏分步酶解，工艺简单、合理，变废为宝，节能减排，并且无废弃酸碱产生，有利于保护环境和可持续发展；得到的低聚糖醛酸与多肽复合剂，具有很好的抗氧化功能，同时人体易于吸收，可用作保健食品；利用鲍鱼内脏特有的褐藻酸酶这一天然资源，有效解决了褐藻酸不易降解为低聚糖醛酸的问题。