本发明公开了一种南海岛礁吹填钙质砂土地基的处理方法，其方法为：步骤一、施工测量；步骤二、输送管的布设；步骤三、挖泥船吸取海底钙质砂；步骤四、微生物菌液和营养液的制备；步骤五、混合箱中充分曝气搅拌。有益效果：本发明通过在混合箱中加入微生物固化剂，使得微生物与钙质砂在混合箱中充分搅拌混合，然后将混合后的钙质砂吹填到礁盘上，形成处理后的地基。这样，待经过一段时间后，混合后的钙质砂形成的处理后地基强度、变形和稳定性都满足工程建设要求，无需其他多余的地基处理措施。本发明具有施工方便、工程成本低、显著缩短施工工期，对环境无污染等显著特点。