本发明公开了一种高效分离硅藻的新方法，主要包括配置培养液以及硅藻的分离及纯化的步骤，其中，硅藻的分离及纯化包括采集含有硅藻的水样、用筛绢网过滤水样、水样杀菌处理、加富培养硅藻、计数硅藻的密度、分离硅藻、将含有硅藻的试管置于适宜的条件下培养、镜检新分离的硅藻种，若无其他生物及杂菌，则分离成功，本发明的优点在于所用时间短、操作简单、避免了目标硅藻受菌污染及转移过程中存在成功概率以影响工作效率的问题，整体上可大大提高微藻分离、提纯的工作效率。其分离效果好、所得藻密度高, 适用于从自然水体、养殖水体、受菌污染或其他杂藻污染的硅藻的分离纯化，因此具备良好的应用前景。