本发明公开了一种花色调节基因VwMYB29，该花色调节基因VwMYB29的核苷酸序列如SEQ ID NO：1中所示；它的氨基酸序列如SEQ ID NO：2中所示。还公开了该花色调节基因VwMYB29在调节植物尤其是三色堇和月季花色中的应用。该花色调节基因VwMYB29能与植物表达载体pBI221重组，制成重组植物表达载体pBI221‑VwMYB29，该重组植物表达载体pBI221‑VwMYB29经基因枪法转化三色堇和月季后，能促使三色堇花瓣无色细胞出现颜色，月季花瓣浅色细胞出现深红色斑点。因此，该VwMYB29基因能用于调节植物尤其是三色堇和月季的花色。