本发明公开了一种鱼胶原蛋白短肽复合物的制备方法，对鱼皮采用柠檬酸在80~100℃高温处理获得胶原蛋白，然后使用碱性蛋白酶和菠萝蛋白酶对胶原蛋白进行水解，再用酵母对水解后的胶原蛋白肽进行发酵处理，得到鱼胶原蛋白短肽复合物。本发明方法采用酸法浸提和热水浸提相结合的提取方法，从鱼皮中获得胶原蛋白，然后对胶原蛋白进行食品工业用蛋白酶、果蔬汁蛋白酶酶解后，再经微生物发酵获得胶原蛋白肽，制得了易于消化吸收且具有较佳口感和风味的胶原蛋白短肽复合物。本方法工艺简单，易于操作，并且具有胶原蛋白提取率高的特点。