本发明涉及一种基于三维DFT在视频中嵌入多重鲁棒水印的方法，是先进行水印的嵌入，包括：(1)对原始视频段进行全局三维DFT，在变换系数中提取一个抗几何攻击的特征向量；(2)利用该特征向量和要嵌入的多水印通过Hash函数得到相应的二值逻辑序列，并将该二值序列存于第三方。然后进行多水印提取，包括：(3)对待测视频数据进行全局三维DFT，提取该对象的特征向量；(4)利用Hash函数特性和存在第三方的二值逻辑序列提取多水印。本发明基于三维DFT的视频多水印嵌入技术，可在不影响原始视频数据的条件下进行多水印的嵌入，具有较强的鲁棒性，既能抗击几何攻击又能抗常规攻击，从而较好的保护了视频数据的版权。