本发明涉及一种基于三维DWT和DFT在视频中嵌入多重水印的方法，是先进行多重水印的嵌入，包括：(1)对原始视频进行三维小波变换、三维全局傅里叶变换，在变换系数中提取一个抗几何攻击的特征向量；(2)将该特征向量和要嵌入的多个子水印通过Hash函数运算，得到相应的二值逻辑序列，并将该二值序列存于第三方。然后进行多重水印提取，包括：(3)对待测视频段进行三维小波变换、三维全局傅里叶变换，在变换域中提取待测视频的特征向量；(4)利用Hash函数特性和存在第三方的二值逻辑序列提取多个子水印。本发明可在不影响原始视频的条件下进行水印的嵌入，具有较强的鲁棒性，既能抗几何攻击又能抗常规攻击，从而较好的保护了视频的版权。