本发明属于生物与新医药中轻工和化工生物技术的天然产物有效成份的分离提取技术，涉及植物提取物领域，具体为一种黑枸杞总黄酮的提取方法。该方法首先采用超微粉碎技术制备得到黑枸杞微粉后，利用微波对微粉进行处理；然后利用超声辅助的离子液体‑盐双水相体系对黑枸杞微粉中的总黄酮进行萃取；最后依次采用超滤，柱层析谱以及超临界流体萃取对黑枸杞总黄酮进行纯化。该方法制备的黑枸杞总黄酮纯度高，抗菌作用明显，可以直接作为食品保健品的功能添加剂。