本发明提供了一种低聚乙酰氨基糖酸及选择性氧化制备方法，所述低聚乙酰氨基糖酸的分子量为500～7000，聚合度n为2~32，结构式如下：，制备方法如下：首先把原料甲壳素制成0.5毫米以下，在酸液和氯化钙甲醇溶液中制备成低分子量再生甲壳素。其次以TEMPO、溴化钠和次氯酸钠为氧化剂，在室温下把甲壳素碳6位羟基氧化为羧基，得到水溶性的低聚乙酰氨基糖酸。本发明的制备方法反应条件温和、反应时间适宜、产率高。低聚乙酰氨基糖酸具有良好的亲水性、保湿性、生物相容性和植物诱抗活性等，并可以作为配体形成多种功能产品，在医药、食品、农业等领域应用广泛。