本发明涉及一种微卫星不稳定性状态的二代测序检测方法，包括以下步骤：分别对肿瘤患者的癌变组织样本和正常组织对照品进行DNA片段化处理，末端补齐加A尾，进行接头连接；设计用于目的区域捕获的引物和探针以及用于扩增的引物，探针是分别针对五个微卫星位点的单向DNA延伸探针，采用探针和引物进行目的区域捕获后扩增得到文库；测序得到癌变组织样本和正常组织对照品的五个微卫星位点的重复序列长度分布数据，对比两者数据，判断微卫星位点的稳定性。本发明还涉及一种微卫星不稳定性状态的二代测序引物探针组。本发明的微卫星不稳定性状态的二代测序检测方法可以减少测序深度对结果判定的影响，简单易行，准确度高，灵敏度高，成本低。