本发明公开了一种高抗氧化活性黄鳝鱼骨多肽制备方法，涉及生物产业技术领域，包括以下步骤：(1)原料收集：将剔除鱼肉的黄鳝鱼骨进行收集，表面清洗感觉，沥干；(2)黄鳝鱼骨处理；(3)制粉；(4)配制黄鳝鱼骨粉悬浮液；(5)真空浸渍处理；(6)酶解；本发明的一种高抗氧化活性黄鳝鱼骨多肽制备方法简单高效，能够避免常规制备方法中未对黄鳝鱼骨进行处理导致的酶解过程中多肽得率较低，品质较差的问题，同时利用木瓜蛋白酶与胰蛋白酶组成的复合蛋白酶来酶解，提高酶解质量，得到的多肽，营养元素损失小，利于人体的吸收，可用于医药原料、药品、功能食品等。