本发明公布了一种新型高选择性荷正电纳滤复合膜的制备方法，以荷正电的聚乙烯亚胺为复合膜的功能层材料，并通过以芳香多元酸为交联剂改性，在超滤膜支撑层上涂覆交联得到高选择性的荷正电纳滤膜。本发明通过梯度交联的工艺，所制得的复合膜交联层孔径由下而上逐步增大，在保持高脱盐的性能下，大大提高水通量。本发明工艺简单，易于操作，制得的复合膜可在低压条件下运行，从而降低成本，有利于推广使用。本发明制得的纳滤复合膜对多价阳离字和单价阳离子选择性较高，可用于硬水软化、医药、染料、盐湖提锂和工业废水等领域。