本发明公开了一种花生衣低聚原花色素、其制备方法及应用，属于天然产物制备的技术领域。本发明的花生衣低聚原花色素由花生衣经微生物发酵，微波辅助提取后，富集而得；所述微生物发酵为酿酒酵母与枯草芽孢杆菌、黑曲霉、米曲霉中的一种进行复合微生物发酵。本发明采用混菌发酵的方式，对花生衣的原花色素进行降解，所得低聚原花色素的抗氧化活性显著提高；本发明制备低聚原花色素的方法易于操作、省时高效，低聚原花色素得率得到有效提高。