本发明涉及一种医药中间体自动研磨系统及医药中间体自动研磨方法，包括底板、研磨装置、输送装置和烘干排出装置，所述的底板的后端安装有研磨装置，底板的中部安装有输送装置，底板的前端安装有烘干排出装置。本发明可以解决现有药品原料进行人工研磨，人工研磨的效果不好，研磨不完全，且难以批量研磨，研磨后的药品粉末不能及时收集，造成药品浪费，药品原料研磨后容易受空气中的水分影响从而结成块状，生产效率低，所耗时间长等难题，可以实现对药品原料进行自动化研磨成粉以及干燥的功能，自动化对药品原料研磨成粉，研磨后的药品粉末及时收集，对受潮后的药品粉末进行干燥与二次碾压，生产效率高，耗费时间短等优点。