本发明提供了利用孕妇血浆游离DNA进行胎儿基因型鉴定的方法，具体地本发明的方法使用高精确性的二代测序平台，避免对目标区域富集、建库等繁琐操作，克服了现有基于直接测序的检测技术操作复杂、费用昂贵、准确性不高的缺陷，是一种简单快速、低成本、高精确性的血浆游离DNA胎儿基因型的检测技术，在无创产前诊断等领域将会有广泛的应用前景。