本发明公开了一种表面功能化磁性纳米分子印迹聚合物的制备方法及其应用，该制备方法包括以下步骤：将Sibiskoside和4‑乙烯基苯甲酸溶解于乙腈中，然后加入Fe3O4@SiO2@NH2@AM磁性纳米微球，超声处理至分散均匀，加入乙二醇二甲基丙烯酸酯和偶氮二异丁腈，进行聚合反应，然后用钕铁硼磁铁进行磁力分离沉降，除去上层液体，洗脱至无Sibiskoside检出，即得到表面功能化磁性分子印迹聚合物。本发明制备的表面功能化磁性纳米分子印迹聚合物能够从窄叶鲜卑花中分离单萜类物质, 吸附效率高，且制备方法和分离提取过程简单，降低应用成本，适合大规模工业化生产，具有广泛的的应用前景。