本发明涉及医药领域，具体地说，涉及一种果糖二磷酸钠化合物及其制备方法。所述果糖二磷酸钠化合物的X‑射线衍射图谱如图1所示，本发明还提供了该种果糖二磷酸钠化合物的制备方法，采用啤酒酵母、葡萄糖、磷酸、碳酸镁等原料进行发酵，经过滤和离子交换之后，脱色过滤并结晶干燥，得到1, 6‑二磷酸果糖三钠八水合物。使用上述方法生产的果糖二磷酸钠化合物吸湿性有所降低，稳定性增加，有利于注射剂的生产应用，并且由于其特有的晶型提高了口服生物利用度，适合于片剂的生产应用。