本发明提供一种基于数字微流控技术的真菌检测系统，包括数字微流控芯片、集成电路、光度检测模块、控温孵育模块，所述数字微流控芯片分别与所述集成电路、光度检测模块、控温孵育模块连接，所述控温孵育模块设于所述光度检测模块下方，所述集成电路分别与所述光度检测模块、控温孵育模块连接；还提供一种利用基于数字微流控技术的真菌检测系统的真菌检测方法。本发明的有益效果是：数字微流控实现对液滴更灵活、快速的控制，自动化和集成化方面优势明显，试剂及样本需求量更小，系统体积更小，且移液操作可多路同时进行，效率更高；样本区、液滴生成通道电极阵列和孵化检测区电极采用矩形叉齿形结构，可以增大液滴与相邻电极的接触面积，更利于液滴的移动，有助于降低驱动电压。