本发明涉及一种复合益生菌微胶囊及其制备方法。属于微胶囊制品领域。所述微胶囊包括芯材和壁材，所述芯材包含复合益生菌，所述壁材包括魔芋葡甘聚糖和海藻酸钠；复合壁材可以有效提高微胶囊对益生菌的保护效果。采用内源乳化法制备益生菌微胶囊，以海藻酸钠、魔芋葡甘聚糖与碳酸钙交联成微胶囊，以双歧杆菌、植物乳杆菌、干酪乳杆菌为实验对象，制得微胶囊。本发明方法操作简单，原料成本低，能明显提高包埋率，性价比较高。