本发明公开了一种改善肠道消化功能的牡丹酵素及其生产方法，以牡丹花、秋葵、木瓜、白萝卜、苹果、菠萝、酸枣仁、枸杞、木香、奇亚籽、草果、葛根、蜂蜜、山药、小米为原料，米曲霉、乳酸片球菌、植物乳杆菌、德氏乳杆菌、汉逊酵母和马克斯克鲁维酵母为混合菌种，能够有效降低原料中有效成分的损失，最大限度保留各原料的营养成分，丰富了牡丹花的营养。本发明提供的酵素口感独特，且无毒副作用，不会对人体的健康产生危害，长期食用具有健脾胃，润肠通便、清热降火，改善肠道消化功能的功效，适合所有人群食用。