本发明提供一种多针深度可控式电子注射器及其控制系统，其包括抽吸器主机、与所述抽吸器主机相连的注射器主机，所述注射器主机包括注射器本体，所述注射器本体上端设有针管活塞拖、与针管活塞拖可拆卸式连接的活塞、针管和针头，所述注射器本体内部设有驱动针管活塞拖运动的电机，所述抽吸器主机上设有显示屏，其内设有压力泵和第一控制组件，所述注射器主机内设有第二控制组件，所述第一控制组件包括第一设定模块至第七设定模块和控制模块，第二控制组件包括驱动模块，该电子注射器采用多针深度可控式的注射方式，将营养物质直接注入到基底层，改善肌肤存在的问题。