本发明属于制药废水处理技术领域，主要针对高浓度、高盐分两种废水不能直接与低浓度废水混合进行厌氧处理的问题，提供一种高盐分高浓度制药废水的综合处理方法，该方法具体包括：对于可生化性较差的高浓度制药废水进行臭氧高级氧化预处理，对于高盐分制药废水进行蒸发脱盐预处理，然后将上述两种预处理后的废水同低浓度废水混合，控制其盐分含量低于0.5％，将混合废水依次输送至综合调节池、水解酸化池、IC厌氧生物反应器，通过厌氧生物的作用去除有机物，降低水中悬浮物，厌氧出水流入A/O池，经二沉池后达标排放。本发明方法处理工艺流程简单、生化反应去除效率高达90％以上，厌氧系统抗冲击能力强，泥量少，能产生高效清洁的沼气能源。