本发明公开了一种手性烯丙醇类化合物的差向异构化方法。该方法包含以下步骤：溶剂中，在有机酸的存在下，将通式A化合物进行如下式所示的差向异构化，制得通式B化合物，即可；其中，所述的溶剂为有机溶剂1，或者有机溶剂2与水的混合溶剂；所述的有机溶剂1为酮类溶剂、醚类溶剂和酯类溶剂中的一种或多种；所述的有机溶剂2为酮类溶剂和/或醚类溶剂；所述的有机酸为水合物或无水物，所述的有机酸为草酸、马来酸和柠檬酸中的一种或多种。本发明的方法操作简便，耐用性好，差向异构化耗时短，适合于工业化生产。