本发明公开了一种南极磷虾活性寡肽的制备方法、该方法制备的南极磷虾活性寡肽及应用，属于海洋生物高值化、深加工领域。本发明的南极磷虾活性寡肽的制备方法，包括脱脂磷虾粉原料的预处理；在适宜条件下加入蛋白酶酶解；酶解结束后灭酶；静置冷却过滤得上清液；加入活性炭进行脱色；将过滤后的脱色液进行干燥，得到南极磷虾活性寡肽。本发明制得的南极磷虾活性寡肽均一性高，颜色亮白，易溶于水且澄清透明。