本发明公开了一种从肝素副产物中分离提纯舒洛地特原料药的方法，将肝素副产物溶解后采用高温沉淀分离得到硫酸乙酰肝素和硫酸皮肤素粗品：然后将粗品溶液通过过氧化氢－臭氧体系氧化沉淀干燥制得舒洛地特，本发明涉及医药技术领域。该从肝素副产物中分离提纯舒洛地特原料药的方法，氧化时采用过氧化氢－臭氧体系，可以提高氧化效果有效去除色素蛋白及杂质。沉淀时采用高温沉淀法比传统低温沉淀法效价回收率提高了10％，还减少了离心机和离子交换树脂的使用，比单纯的过氧化氢氧化处理节约了60％时间，提高了产品质量和生产效率，适用于大规模工业化生产、周期短、成本低、充分有效利用肝素副产物且产品纯度较高、稳定性较强。