本发明提供镍合纳米磁珠纯化His‑tag标记的口蹄疫表位蛋白抗原的方法，包括如下步骤：取50μL的镍合‑NTA纳米磁珠放入离心管中，加入500μl结合液，混合10次，磁力架吸附1min，移出并弃掉上清液，重复洗涤1次；将1mL结合液和100μL His‑tag标记的口蹄疫表位蛋白抗原加入到上述离心管中，4℃混合反应15min，磁力架吸附1min，移出并弃掉上清液；加入1mL洗涤液，混合均匀，室温放置5min，磁力架吸附2min，移出并弃掉上清液，重复1次；加入200μL洗脱液，4℃下混合10min，磁力架吸附2min，得到纯化富集后的His‑tag标记的口蹄疫表位蛋白抗原上清液。本发明的镍‑NTA纳米抗体磁珠法纯化抗原具有得率高，抗原浓度大，易于下游应用等优势。