本发明公开了一种中医病名相似度的量化判定系统，包括病名输入模块A，其用于输入基础病名和对比病名；方剂数据处理模块B，其用于对基础病名和对比病名进行处理，获取高频药物组成数据和低频药物类别数据构成的应用集；判别模型生成模块C，用于对高频药物组成数据和低频药物类别数据进行处理，得到药物组成规则树和药物类别规则树，生成量化判定模型；模型应用和结果输出模块D，其用于将高频药物组成数据和低频药物类别数据应用至量化判定模型，获得对比病名与基础病名的相似度，并显示输出；智能调控模块E，其用于根据药物组成规则树和药物类别规则树的熵值和规则集的袋外误差，调节高频药物和低频药物的分割比例。