本发明提供了一种药品流通数据采集方法及其系统。本发明的药品流通数据采集方法包括：由数据采集客户模块从数据采集服务模块拉取最新的取数条件列表的拉取步骤，所述取数条件列表包含至少一个取数条件；由数据采集客户模块根据取数条件在药品流通全量数据中进行取数操作，形成药品流通数据文件的取数步骤；以及由数据采集客户模块传输药品流通数据文件至数据存储服务器进行存储的传输步骤。本发明在保证数据采集完整性的同时，提高了数据采集效率。