本发明提供了一种培美曲塞中间体的纯化方法，包括以下步骤：A)将培美曲塞中间体粗品溶解于溶剂中，得到培美曲塞中间体粗品溶液；B)将所述培美曲塞中间体粗品溶液与三氟乙酸混合，得到培美曲塞中间体的三氟乙酸盐。本发明通过在一定的溶剂、温度下，加入适当的酸，与中间体成盐，达到纯化培美曲塞中间体的目的，减少中间体中的杂质含量，得到高纯度的培美曲塞中间体。利用该中间体制备培美曲塞二钠原料药，可以有效减少原料药中的杂质残留，得到高纯度、符合药用标准的培美曲塞二钠原料药。本发明提供的制备方法操作简单，适合工业化生产。同时，所用的三氟乙酸不会引入基因毒性杂质，更加安全。