本发明公开了一种基于多层感知机和自然语言处理技术的方剂功效预测方法，包括：采集相关中医药数据，整合形成方剂库与疾病库；构建中医药领域基础语料库；利用自然语言处理技术建立医药功效语言模型；通过改进词向量加权方法获得方剂主治标记矩阵；根据方剂药材组成以及药材用量，构建方剂组成矩阵；根据方剂组成矩阵和方剂主治标记矩阵的信息构建训练集；基于训练集，使用多层感知机进行训练，建立预测模型；基于预测模型对待测方剂进行功效预测。上述方法利用自然语言处理技术对方剂特征进行自动标记，大大减少工作量，利用多层感知机的特点对大量的中药方剂数据进行建模，且以概率的形式进行输出，利于准确直观地判断可靠性。