本发明公开了一种房地产项目清算的经济指标预警方法，包括：获取建筑单体的匹配条件与第一经济指标数据；从预先建立的经济指标预警库中获取与匹配条件对应的第二经济指标数据；将第二经济指标数据折算为第三经济指标数据，第三经济指标数据为结算年度的经济指标数据的平均值；将第一经济指标数据与第三经济指标数据进行比对，得出比对结果；判断比对结果是否超出预设的第一阈值；若比对结果不超出第一阈值，则采信第一经济指标数据；若比对结果超出第一阈值，则输出预警提示。同时，本发明还公开了一种房地产项目清算的经济指标预警系统。本发明的实施有利于审核人员抓住审核重点，并选择适用的审核方法，从而减小了工作量。