本发明公开了一种医药产品分拣系统及其分拣方法。该医药产品分拣系统包括控制主板，用于将不同功能的用模块连接在一起，使它们相互传递信息，接收外来数据，并给其它设备处理，将内部设备处理的数据集中，并传递给外界；处理器，用于解释计算机指令以及处理计算机软件中的数据；显示器，用于显示处理过的数据；存储模块，用于将所处理的数据存储和备份；订单输入模块，用于将客户的订单信息传入系统；本发明中一种医药产品分拣系统，通过控制主板连接质量检测模块，分拣模块，订单输入模块和处理器，所述连接显示器和存储模块，使在生产过程中对生产出的产品根据客户要求进行分级分拣，满足客户对产品的不规格的需求。