本发明公开了一种提高挑选多粘菌素正向突变菌株机率的方法，涉及多粘芽抱杆菌筛选差异菌领域。本发明对分离平板培养基添加轻质碳酸钙，制备成平板后进行低温冷藏，在分离平板上进行菌株培养，依据单菌落出现的外观形态转接到添加有轻质碳酸钙的斜面培养基培养，将斜面培养基上培养完成后的菌苔接种于种子培养基中培养，即得正向突变率大于50％的菌株。本发明采用对粘杆菌素产生菌进行代谢调控和固体培养基初始湿度进行调节相结合的筛选方法，实现了高产菌落的直观可区分的筛选方法，提高了粘杆菌素筛选中获得正向突变菌株的机率，提高了筛选效率。本发明方法工艺简单、易操作。因而可进行大规模的筛选，获得较多的高产菌株，进而降低生产成本。