本发明公开了一种脂肪酶组合物及其在饲料添加剂中的应用，所述脂肪酶组合物由酸性脂肪酶、中性脂肪酶和碱性脂肪酶组成，所述酸性脂肪酶、中性脂肪酶和碱性脂肪酶的质量比为2～4：6～8：3～5。本发明的脂肪酶组合物添加到饲料中饲喂畜禽，能很好地适应畜禽消化道内变化的pH环境，酸性条件下由酸性脂肪酶分解饲料中的油脂，中性或/和碱性条件下由中性脂肪酶或/和碱性脂肪酶分解饲料中的油脂，脂肪酶组合物充分分解饲料中的油脂，显著提高饲料转化率和畜禽产量，大大降低饲养成本。