本发明提供苦木内酯类化合物在防止海洋生物污损中的应用，涉及生物技术领域。所述苦木内酯类化合物的结构式为式Ⅰ，在式Ⅰ中，R1, R2, R3, R4分别选自“‑H”或“‑OH”或“‑CH3”或“‑COOR' ”或“‑OOCR″”, 其中R' 为“‑H”或“‑CH3”，R″为碳原子数为3～7的脂肪链。所述苦木内酯类化合物对海洋污损生物尤其是藤壶类生物具有较强的抑制作用，且为无毒的天然活性化合物，在水体环境中能有效降解，不会造成环境污染，具有环境友好，安全性高的特点。