提供用于在微波加热系统中对多个制品进行巴氏灭菌和消毒的方法和系统。在某些方面，制品群组能够在第一传送方向和相反的第二传送方向上经过微波发射器，使得每一制品群组不止一次地经过所述微波发射器。本文中所描述的方法和系统还配置成均匀地加热间隔开的制品群组，而不会干扰微波发生器或分配系统的运行。