本发明属于环境治理领域，涉及一种硫氧化菌，为寡养单胞菌(Stenotrophomonas sp.)sp3，其保藏编号为CGMCC No.18394。本发明还提供包含所述寡养单胞菌的组合物及其应用。本发明的寡养单胞菌能够高效地氧化S2‑，有效降低水体中S2‑含量，从而改善水体质量，特别是在黑臭水体的治理和净化上，有显著的效果。