本发明涉及一种木质纤维水解液生物处理方法，属于生物质精炼领域。该方法在木质纤维原料自水解后得到的水解液加入果胶酶进行酶处理，果胶酶用量为10－1000g/吨水解液，酶处理温度30℃－70℃，时间1h－48h，pH 3.0－8.0，水解液果胶酶处理后采用阳离子聚合物进行处理。本发明可以提高水解液中木素特别是胶体木素的去除效率，降低阳离子聚合物的用量，并同时可以显著减少阳离子聚合物处理过程中低聚糖的损失。