本公开提供可用于分析蛋白质‑蛋白质界面诸如呈递蛋白(例如，FKBP家族的成员、亲环蛋白家族的成员或PIN1)与靶蛋白之间的界面的方法和试剂。在一些实施方案中，所述靶蛋白和/或呈递蛋白是细胞内蛋白。在一些实施方案中，所述靶蛋白和/或呈递蛋白是哺乳动物蛋白。