本发明提出了一种潜伏期胃癌诊断试剂盒，包括检测人细胞毒素相关蛋白A表达水平的试剂和能够检测出微生物的试剂，本发明在检测细胞毒素相关蛋白A阳性基础上，抽提粪便中细菌基因组DNA，通过DGGE分析肠道微生物群落多样性，可以判断患胃癌的风险，为患者采取尽早诊断和干预提供有效的依据。