本发明属于营养制品的制作方法，特别是涉及一种以火麻仁蛋白粉为原料，利用生物酶解技术制备火麻仁低聚肽的方法。该方法包括以下步骤：原料筛选后动态提取浆液得到提取液，然后分步进行酶解得到酶解液，将酶解液进行纯化处理后，再制粉处理得到火麻仁低聚肽粉。本发明公开的制备火麻仁低聚肽粉的方法，无需添加任何化学试剂，环保无害，且操作简单，制备成本低，适用于工业化生产。得到的火麻仁低聚肽具有吸收快速、口感好、利用率高等优点，具有良好的溶解性、稳定性和低过敏原性。