本发明提供一种制药厂房洁净空调系统风量自动测控系统，包括：空气均流装置、风压测量装置、信号处理装置，其中，空气均流装置和风压测量装置设置在风管内，信号处理装置与风压测量装置电连接，并根据风压测量装置测出的总压值和静压值计算风速值，再根据风速值控制空调风机变频器的频率及风管上电动阀门的开度，以调节送风量，通过设置在风管内的空气均流装置对风管内的空气进行强制均流，使得风压测量装置在测量风管内的风压值时，测量结果准确，不受外界影响；测量时可进行实时测量，并通过信号处理装置对空调系统进行实时控制及跟踪记录；无需人工进行参与，能够实现自动检测，测控效率高，时效性好。