一种利用己糖培养基生产纳豆激酶的方法，包括：在摇瓶反应器中加入一定量的含己糖培液体养基，高温灭菌后备用；将活化后的枯草芽孢杆菌种子液接入摇瓶反应器中进行振荡培养，其中，培养温度为21℃‑37℃，摇瓶反应器的转速为180rpm，种子液接种量为2％，培养基初始pH5‑9。本发明针对纳豆芽孢杆菌生产纳豆激酶过程中普遍存在的纳豆激酶活力低的瓶颈问题，改进培养基碳源并进一步优化培养条件，促进了纳豆激酶活力的提升。本发明所采用的木糖是一种廉价的碳源，在提高纳豆激酶活力的同时有利于减少生产成本提高产品价值，根据商业化应用的不同需要，可进行下一步深加工。