本发明公开了一种放射性药物自动分装仪及其分装方法，属于放射性药物分装领域；该分装仪包括蠕动软管、连通于蠕动软管两端的输出针头和输入针头、用于挤压蠕动软管的蠕动泵以及用于封装蠕动泵的箱体; 该分装方法包括：S1 : 将输出针头插入源液瓶中，将输入针头插入收集瓶中; S2 : 启动蠕动泵使蠕动软管中充满药物，得出其容积；S3 : 用检定合格的活度计测量出源液瓶的活度；S4 : 开启蠕动泵使其分装0.5ml的药物至收集瓶中，之后测量收集瓶内的放射性活度，据此计算得出源液瓶中的放射性比活度；S5：当要获取指定活度的放射性药物时，根据放射性比活度，驱动蠕动泵分装相应体积的放射性药物至收集瓶中，完成分装。本发明具有分装放射性药物较为精确的特点。