本公开提出了一种基于多模态指纹图谱的中药药性识别方法及系统，先由红外图谱在中药图谱数据库中进行中药红外图谱的相似性筛选，排除掉红外图谱不相似的中药，然后在筛选的中药数据库中，由紫外图谱进行紫外图谱的相似性筛选，采用多模态数据有利于提取中药的全部成分，有利于中药药性的准确判断和整体分析。获取紫外图谱相似的中药图谱数据集，根据获得的红外和紫外图谱联合相似数据集进行识别判断，最终通过集成学习方法判断待测中药的药性，识别准确并且识别效率高。